عسل با دارا بودن پراکسید هیدروژن طبیعی، باکتری هلیکوباکتر پیلوری (عامل اصلی زخم معده) را از بین می‌برد. پروپولیس موجود در عسل با تشکیل لایه محافظتی روی زخم، به ترمیم مخاط معده کمک می‌کند. آمینواسید گلوتامین موجود در عسل بازسازی سلول‌های معده را تسریع می‌کند. تحقیقات نشان داده‌اند مصرف یک قاشق عسل ناشتا می‌تواند بهبود زخم معده را تا ۶۰% تسریع کند. ترکیبات قلیایی عسل نیز اسید معده را خنثی می‌کنند.
