عسل حاوی آنزیم‌های گوارشی طبیعی مانند آمیلاز، پروتئاز و لیپاز است که به هضم بهتر مواد غذایی کمک می‌کنند. فروکتوالیگوساکاریدهای موجود در عسل به عنوان پری‌بیوتیک عمل کرده و رشد باکتری‌های مفید روده را تحریک می‌کنند. گلوتامین موجود در عسل به ترمیم مخاط دستگاه گوارش کمک می‌کند. مطالعات نشان داده‌اند مصرف عسل می‌تواند علائم سندرم روده تحریک‌پذیر را تا ۵۰% کاهش دهد. ترکیبات قلیایی عسل نیز اسید معده را خنثی می‌کنند.